少阳从本为相火，太阴从本湿上坐，厥阴从中火是家，阳明从中湿是我，太阳少阴标本从，阴阳二气相包裹。风从火断汗之宜，燥与湿兼下之可，万病能将火湿分，彻开轩岐无缝钻。
叙
卷一·琼瑶神书天部
宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一
琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二
琼瑶标本运气歌三
琼瑶辨十二经水火分治法四
宋徽宗崇宁皇帝论五
论手足阴阳流注篇六
络脉传注周流不息七
琼瑶真人避瘟毒传染法九
生成数十三
千金不传之秘十四
琼瑶神针书定生死之法千金不传十五
琼瑶真人秘传神针手法心授口诀二十四字十六
赤凤摇头十七
苍龙摆尾十八
搓法(三阳经外络内搓、三阴经内络外搓)十九
琼瑶真人三百六十号总括二十
琼瑶真人十段锦周流气上气下秘诀二十一
琼瑶真人治病手法歌
卷二·琼瑶神书地部
琼瑶真人汗吐下三法
卷三·琼瑶神书人部
琼瑶男女针法答问
琼瑶讲论五脏答问
卷四·附方穴图
十四经穴歌一
十四经穴歌二
穴道分寸歌括
八法穴道
天星十一穴
流注六十穴道
杂病穴道
治多年医不可痔疮灸法