序一
序二
序三
凡例
卷之一
万金一统述
药性歌
诸病主药
释形体
周身脏腑形状
人身面背手足之图（缺）
十二经脉歌
十二月七十二候歌
运气候节交应时刻数诀
医学源流
卷之二
中风
伤寒（附伤风）
中寒
瘟疫
中暑
中湿
火证
内伤
饮食
郁证
痰饮
咳嗽
喘急
哮吼
卷之三
疟疾
痢疾
泄泻
霍乱
呕吐
翻胃
呃逆
嗳气
吞酸
嘈杂
诸气
青筋
痞满
鼓胀
水肿
积聚
五疸
痼冷
斑疹
发热
卷之四
补益
虚劳
失血
恶热
恶寒
汗证
眩晕
麻木
癫狂
痫证
健忘
怔忡
惊悸
虚烦
不寐
邪祟
厥证
浊证
遗精
淋证
关格
遗溺
小便闭
大便闭
大小便闭
痔漏
悬痈
体气
脱肛
诸虫
卷之五
头痛
须发
面病
耳病
鼻病
口舌
牙齿
眼目
咽喉
结核
梅核气
瘿瘤
肺痈
肺痿
心痛（即胃脘痛）
腹痛
腰痛
胁痛
臂痛
背痛
痛风
香港脚
疝
痿
消渴
病
卷之六
妇人科
调经
经闭
血崩
带下
求嗣
妊娠
产育
小产
产后
乳病
乳岩
妇人诸病
卷之七
小儿科
急惊
慢惊
惊后调治
疳疾
癖疾
诸热
感冒
伤食
腹胀
吐泻
小儿初生杂病
小儿杂病
痘疮
麻疹
卷之八
痈疽
瘰
疔疮
便毒
下疳
杨梅疮
疮
疥疮
癣疮
秃疮
癜风
疠风
诸疮
杖疮
折伤
金疮
破伤风
汤火
虫兽
中毒
骨鲠
五绝
膏药
通治
奇病
云林暇笔（凡十二条）
叙云林志行纪
后序